La Fitoembrioterapia si differenzia dalla Fitoterapia in quanto utilizza gli elementi embrionali primari del vegetale, dotati di un'intensa attività riproduttiva, invece dei principi attivi secondari presenti nelle parti adulte e definite della pianta. La materia prima della fitoembrioterapia comprende gemme, germogli, giovani getti, boccioli, giovani radici, amenti, scorza interna di radici, scorza di giovane ramo, linfa, semi, xilemi o altri tessuti embrionali di vegetali in fase di crescita.